草木繁茂的本館庭園位於都心，有三個區域，以春夏秋冬四季不同的面貌迎接八方來客。
草坪庭園
這是從朝香宮公館時代延續下來的草坪覆蓋的開闊區域。聳立在中央的高大糙葉樹，據說原先位於本館（舊朝香宮公館）的大食堂附近，後來因為修建本館而被移植到這裏。
日本庭園
這也是從朝香宮公館時代延續下來的庭園。擁有假山和池塘，形成錯落有致的景觀。還有茶室，充滿濃郁的日本風情。秋天的紅葉也令人陶醉。
西式庭園
過去有宮內省的官吏住宅，後來變成庭園，被美術館接管。2018 年修建了道路，栽種了樹木，面貌煥然一新，更加令人心曠神怡。春季可以觀賞華盛頓櫻花。
○開放時間
上午10點～下午6點（閉館前30分鐘停止入內）
※在日本庭園內，為了確保安全，一部分道路的通行時間如下所示：
10月～3月 10：00～16：30
4月～9月 10：00～18：00
○休館日
每週一（逢例假日時開放，第二天休息）、元旦前後
換展期間，不能進入本館和新館，但是可以進入庭園。
○庭園門票
成年人200日元（100日元）、大學生（包括各種大中專院校）160日元（120日元）、國高中生與65歲以上者100日元（80日元）
・（）內為20名以上的團體票價。
・國小生以下（含國小生）、和在都內居住、就讀的國中生免費。
・身體障礙者手冊、愛之手冊、療育手冊、精神障礙者保健福利手冊及原爆受害者健康手冊的持有者及其護理者一名免費。
・第3個星期三（敬老日）65歲以上者免費。
※展覽會門票的持有者，也能進入庭園。
○入園須知
為了讓大家舒適愉快地利用，請勿採取下列行為。請大家給予協助：
・在指定場所以外吸煙
・使用皮球、球拍等用品玩耍
・帶入寵物（導盲犬除外）
・帶入酒類
・使用樂器、收音機、音樂播放器
・亂扔、放置垃圾
（為了避免烏鴉危害，請務必將飲食後產生的垃圾帶走。）
・在庭園內使用反光板等器材拍攝
（商業用途的拍攝，需要事先得到本館的許可。詳情請諮詢。）
・幼兒單獨入內（請家長陪伴幼兒。）
・帶入危險品
・干擾其他遊客的其他行為
